Aliniamentele globale și locale sunt două metode diferite de aliniere a unei secvențe. Pentru a decide ce metodă se alege depinde de scopul alinierii. Aliniamentele globale și locale sunt două metode diferite de aliniere a unei secvențe. Pentru a decide ce metodă se alege depinde de scopul alinierii. Aliniamentele globale încearca sa compare fiecare reziduu din fiecare secvență și sunt utilizate cel mai bine atunci când secvențele sunt similare și sunt de aceeași dimensiune, pentru că secvențele care au dimensiuni diferite produc nepotriviri la capetele unui aliniament. Cu toate acestea, atunci când se încearcă să se alinieze fiecare element din secvențe diferite, se vor produce multe gaps-uri(lacune) din cauza nepotrivirilor dintre cele două secvențe, așa cum se vede în figura urmatoare ce reprezinta un exemplu de aliniere globala si locala: